Urodził się w 1969 roku w polsko-francuskiej rodzinie. Jako nastolatek, reżyserował filmy amatorskie. Absolwent paryskiej Sorbony (Wydział Studiów Kinematograficznych) oraz Wydziału Reżyserii słynnej, francuskiej szkoły filmowej LA FEMIS. Pracował jako asystent na planach filmów fabularnych, reklamowych i telewizyjnych. Po realizacji kilku krótkometrażowych fabuł („DZIEŃ KOŃCA LATA”, „RANCH W NEVADZIE”, „MOTOR”) robił filmy dokumentalne (m. in. „CELA”, „CIEŃ NA DUSZY”, „PRZESŁUCHANIA”, „PIOSENKA I ŻYCIE”). Sfilmował we Francji ponad 80 relacji osób, które przeżyły holokaust dla fundacji Stevena Spielberga „Survivors of the Shoah”. Wyreżyserował również kilka dokumentów o kreacji artystycznej („W CIENIU DON GIOVANNIEGO”, „PO DRUGIEJ STRONIE PŁÓTNA”, „SZTUKA MILCZENIA”). W 2010 roku Rafael wyreżyserował swój debiut fabularny „KRET” z Borysem Szycem, Marianem Dziędzielem i Wojciechem Pszoniakiem w rolach głównych. Film miał swoją premierę na 36. Festiwalu Polskich Filmów Fabularnych w Gdyni (nagroda za najlepszą rolę drugoplanową dla Mariana Dziędziela), a międzynarodową karierę rozpoczął na Festiwalu w Montrealu, gdzie nagrodę za rolę główną otrzymał Borys Szyc. W styczniu 2012 roku Rafael Lewandowski został laureatem Paszportu Polityki. Kończy obecnie realizację pełnometrażowego filmu dokumentalnego („MINKOWSKI / SAGA”) i pracuje nad kolejnymi projektami fabularnymi.