Film przedstawia prawdziwą postać o niepowtarzalnej biografii. Pekosińksi żyje w Polsce, mieszka w Zamościu, ma prawdopodobnie 53 lata. Nie marodziny, nie wie kim jest. W tym życiu wszystko zostało skonstruowane sztucznie: i symboliczna data urodzin, dzień wybuchu drugiej wojny światowej, i nazwisko - od skrótu nazwy instytucji opiekuńczej PKOS, i miejsce urodzenia - kacet w Zwierzyńcu, skąd zza drutów przerzuciła go matka...
Fałszywi i sztuczni okazali się opiekunowie i przyjaciele. Prawdziwe - tylko sieroctwo i garb. O młodego Bronka walczyły ze sobą dwie potęgi: totalitarne państwo i Kościół Katolicki. Dorosły Pekosiński, alkoholik i degenerat, sparaliżowany po wylewie krwi do mózgu, ma jednak gwiazdę przewodnią swego życia: mistrzowską grę w szachy. Upokarzany, przepędzany, zdradzany i oszukiwany, zachowuje godność, dobroć i ufność. Przez całe zycie szuka matki. Film "Przypadek Pekosińskiego" przekracza dotychczasowe, konwencjonalne granice współczesnego kina fabularnego: sztuka łączy się tu w najprostszy sposób z życiem. Została przekroczona bariera udawania.