Film podobnie jak literacki pierwowzór składa się z trzech części odpowiadających trzem medytacjom papieskiego poematu. Pierwsza "Strumień", jest zamyśleniem nad pięknem a zarazem przemijaniem świata i człowieka. W drugiej, "Medytacje nad Księgą Rodzaju na progu Kaplicy Sykstyńskiej", Jan Paweł II kontemplując freski Michała Anioła wprowadza w najtrudniejsze z egzystencjalnego punktu widzenia, prawdy wiary. Trzecia część, "Wzgórze w krainie Moria", jest historią Abrahama ofiarowującego swego syna Izaaka, wprowadzając w tajemnicę Boga Przymierza i zapowiadającą odkupieńczą śmierć Chrystusa.