Dziesięcioletni chłopiec – Adaś Niezgódka – w czarodziejski sposób trafia do bajkowej szkoły prowadzonej przez tytułowego Pana Kleksa. Szybko okazuje się, że metody wychowawcze nauczyciela są ekscentryczne: uczniowie noszący imiona tylko i wyłącznie na literę „A” studiują m.in. kleksografię i uczą się geografii… kopiąc piłkę w kształcie globusa. To jednak dopiero początek niezwykłych przygód Adasia. Oczywiście nie zabraknie w nich przebojowych piosenek z tekstami Jana Brzechwy.