"Wyspa Wynalazców" to druga część "Podróży Pana Kleksa", filmu, który stanowi kontynuację "Akademii Pana Kleksa". Wyspę Wynalazców okupuje Wielki Elektronik, kontrolujący z pomocą cudownej kuli wszystkie źródła energii na obu półkulach. Profesor Kleks ze swoją ekpią przybywa batyskafem na Wyspę Aptekarię gdzie radzi z prawowitym władcą Patentonii nad sposobem uwolnienia Wyspy Wynalazców. Pojmany przez okupantów Pietrek odmawia ujawnienia sekretu Pana Kleksa, dysponującego czarodziejską diamentową kulą, podarowaną mu przez doktora Paj-Chi-Wo....

Wrzesień 1939 roku. Zapada decyzja o ewakuacji polskiego złota z Warszawy na wschodnie rubieże. Pod dowództwem majora Bobruka wyrusza konwój ciężarówek, śledzony pilnie przez niemieckich dywersantów. O planach Polaków informuje Langa zwerbowana do współpracy Renata. W pobliżu granicy okazuje się, że złoto musi być przewiezione do Rumunii, skąd odpłynie statkiem do Kanady. Rząd Rumunii zgadza się na to mimo ostrych protestów niemieckich. Bobruk wspólnie z komisarzem Montianu opracowuje plan przewiezienia...

Lata międzywojenne. Do prowincjonalnego miasta przybywa wędrowny cyrk, którego dyrektorem jest Waldo. Jego żona, Maria, romansuje z młodym akrobatą Zygfrydem. Podczas występów chłopiec zwraca na siebie uwagę starszego pana - estety i humanisty o wszechstronnych zainteresowaniach - Stefana Drawicza. Drawicz wprowadza Zygfryda w świat kultury i sztuki, zaszczepia mu pojęcie sensu istnienia. Oszołomionemu akrobacie przestaje wystarczać cyrk, Maria budzi jego niechęć, Waldo - pogardę. Instrumentalny stosunek Drawicza do Zygfryda spowoduje...